Maskovaný ochránce dobra spojí své síly se superhrdiny ze světa DC Comics a vyrazí do hlubokého vesmíru, aby společně zabránili zlému Brainiacovi zničit Zemi. Pomocí síly lucernových prstenů scvrkává Brainiac světy, aby si je mohl přidat do své zvrácené sbírky miniaturních měst z celého vesmíru. Nyní musí nejslavnější superhrdinové i nejprohnanější superpadouši táhnout za jeden provaz a vydat se na různé lucernové světy, sbírat tamní prsteny a zastavit Brainiaca dřív, než bude pozdě.
Hráči si zpřístupní více než 150 jedinečných postav ze světa DC Comics včetně členů Ligy spravedlivých a velkých figurek LEGO, jako jsou Killer Croc, Solomon Grundy a mnoho dalších. Fanoušci všech věkových kategorií budou moci ovládat své oblíbené hrdiny a padouchy s novými pomůckami a dovednostmi. Díky Brainiacovým schopnostem ovládat mysl ostatních lidí a síle jeho lucernových prstenů čekají osobnosti klasických postav nečekané proměny.
V rámci LEGO Batman 3: Beyond Gotham budou mít hráči možnost prozkoumávat různé věhlasné lokace, jako je například Síň spravedlnosti, Netopýří jeskyně či strážní věž Ligy spravedlivých. Na Batmanově počítači si budou moci zpřístupnit jeho výcvikové moduly a zúčastnit se řady výzev, bitev a závodů.