1601-1650

První polovina 17. století byla poznamenána rozpory mezi Habsburky a českou šlechtou. V roce 1618 protestanští stavové vyhodili z okna královské místodržící a v roce 1620 se střetla královská armáda s vojskem českých šlechticů.na Bílé hoře u Prahy. Po úprku vojáků české šlechty zvítězilo habsburské vojsko. V roce 1621 bylo v Praze na Staroměstském náměstí popraveno 27 vůdců povstání a až do roku 1648 sužovala Evropu třicetiletá válka. Po bitvě na Bílé hoře musela řada nekatolíků opustit zemi. Jedním z nich byl také poslední biskup Jednoty bratrské, Jan Amos Komenský. Jednotě bratrské se věnují například publikace Archiv Matouše Konečného.